A nova estrutura organizacional dos CFM comporta, para além dos órgãos estatutários – Conselho de Administração e Conselho Fiscal – três direcções executivas regionais, nomeadamente: CFM-Sul, CFM-Centro e CFM-Norte; sete direcções por função; cinco gabinetes de apoio ao Conselho de Administração; Secretariado-Geral do Conselho de Administração; representações comerciais no estrangeiro; unidades técnicas e brigadas de construção ou reabilitação de infra-estruturas.